Die Europäische Kommission beschreibt den Zolltransit als Zollverfahren für die Warenbewegung zwischen Zollgebieten oder zwischen zwei Punkten eines Zollgebiets über ein anderes Zollgebiet. Dabei können Abgaben, Steuern und handelspolitische Maßnahmen unter den Voraussetzungen des Verfahrens vorübergehend ausgesetzt werden. Die Zollabfertigung kann dadurch am Bestimmungsort statt am Eingang in das Zollgebiet erfolgen.
Für Unternehmen ist daraus vor allem eine organisatorische Konsequenz wichtig: Der Grenzübertritt ist nicht automatisch der Ort, an dem alle Zollfragen erledigt werden. Vor der Fahrt muss feststehen, welches Verfahren vorgesehen ist, welche Daten dafür benötigt werden und welche Stelle die Eröffnung oder Beendigung des Verfahrens nachweist. Die Europäische Kommission unterscheidet unter anderem Unions- und gemeinsame Versandverfahren. Das konkrete Verfahren hängt von der Route, dem Warenstatus und den beteiligten Zollgebieten ab.
Die Zollunterlagen sollten deshalb mit den Frachtpapieren über eine gemeinsame Sendungsreferenz verbunden werden. In der Transportakte gehören die verwendete Warenbeschreibung, Rechnung, Packliste, erforderliche Genehmigungen oder Nachweise, die Zollreferenz und die Kommunikation mit dem Zollagenten zusammen. Welche Unterlagen im Einzelfall erforderlich sind, hängt unter anderem von Ware, Ursprung, Bestimmungsland und Verfahren ab.
Die Verordnung (EU) Nr. 952/2013 legt den Zollkodex der Union fest. Sie ist der unionsrechtliche Rahmen, ersetzt aber nicht die Prüfung der konkret anwendbaren Durchführungsvorschriften und des gewählten Verfahrens. Bei Unsicherheit sollte die zollrechtliche Zuständigkeit vor der Abfahrt geklärt werden.